Inicjatywa zorganizowania Festiwalu Nauki w Warszawie narodziła się we wrześniu 1996 roku. Rozpoczął się on od 72 spotkań organizowanych w ciągu 2 dni przez 44 instytuty i placówki naukowe. Obecnie podczas 10 dni ma miejsce ponad 500 spotkań i 200 lekcji festiwalowych, przygotowanych przez ponad 100 warszawskich placówek. Instytut Nenckiego aktywnie uczestniczy w Festiwalu Nauki od samego początku.
Program Festiwalu Nauki przygotowywany jest według stałego wzoru:
- Kluby i dyskusje – wieczorne wykłady dla szerokiej publiczności;
- Spotkania weekendowe -pokazy w laboratoriach dla ograniczonej liczby uczestników;
- Lekcje festiwalowe – odbywają się w ciągu tygodnia i są przeznaczone dla uczniów klas podstawowych, gimnazjalnych i liceów. Rozpoczyna je wykład wprowadzający, a następnie odbywają się pokazy, w których uczniowie biorą czynny udział.

Piknik Naukowy Polskiego Radio oraz Centrum Nauki Kopernik jest największą w Europie imprezą plenerową o tematyce naukowej. Pierwszy Piknik Naukowy (jako Piknik Naukowy Polskiego Radia BIS) odbył się 14 czerwca 1997 roku na Rynku Nowego Miasta. Od 2008 roku jest organizowany wspólnie przez Polskie Radio oraz Centrum Nauki Kopernik.

BioCentrum Edukacji Naukowej (dawniej Szkoła Festiwalu Nauki) zainaugurowane zostało w październiku 2002 roku przez Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej, Instytut Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego PAN, Instytut Biochemii i Biofizyki PAN oraz Festiwal Nauki. Od 2010 roku jest organizowane pod nową nazwą i wspierane także przez Wydział Biologii Uniwersytetu Warszawskiego oraz Fundację BioEdukacji.

Krajowy Fundusz na rzecz Dzieci jest stowarzyszeniem społecznym i ma status Organizacji Pożytku Publicznego. Powstał 30 maja 1981 roku.